Im Verlauf des akademischen Jahres halten einige Fellows einen Abendvortrag. Darüber hinaus finden zahlreiche interne Veranstaltungen wie die Dienstagskolloquien oder Workshops statt, die in der Regel ausschließlich den Fellows vorbehalten sind.
Zu den biowissenschaftlichen Ernst Mayr Lectures wird alle zwei Jahre eine international besonders angesehene Forscherpersönlichkeit eingeladen. Das Wissenschaftskolleg kooperiert dabei mit der Berlin-Brandenburgischen Akademie der Wissenschaften, in deren Räumen der Vortrag gehalten wird. Am Folgetag bietet der oder die Vortragende ein Seminar mit Berliner Nachwuchswissenschaftlerinnen und -wissenschaftlern im Wissenschaftskolleg an.
Frühere Fellows des Wissenschaftskollegs kehren nach Berlin zurück, um im Rahmen einer Werkvorstellung über ein Thema zu sprechen, welches im Zusammenhang mit der Publikation steht, an der sie während ihres Aufenthaltes am Wissenschaftskolleg gearbeitet haben.
Die Gesprächskonzerte am Wissenschaftskolleg sind zu einer Tradition geworden, seit Walter Levin diese im akademischen Jahr 1991/1992 begründet hat.
"Klänge gelten nicht um ihrer selbst willen, sie sind vielmehr Träger von Gedanken, eingebunden in die Logik der Sache. Und diese gilt es herauszuarbeiten, damit Musik zum Gegenstand des Nachdenkens und Genusses werden kann."
(Dieter Grimm, Rektor des Wissenschaftskollegs 2001-2007, anlässlich des 80. Geburtstages von Walter Levin im Dezember 2009)
Das Wissenschaftskolleg organisiert in jedem akademischen Jahr auch einige Workshops mit aktuellen und - im Rahmen des Fellow Forums - mit früheren Fellows. Die Auswahl der von Fellows und früheren Fellows eingereichten Themen trifft ein von der Rektorin berufener Beirat.
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