Das Wissenschaftskolleg wurde als eine private, von unmittelbarem staatlichem Einfluss freie Institution in der Form eines Vereins gegründet. Vereinsmitglieder sind die Präsidenten oder Leiter der großen Forschungsorganisationen der Bundesrepublik, der Stiftung Preußischer Kulturbesitz und der Berliner Universitäten. Die Leitung des Wissenschaftskollegs liegt in der Hand des Rektors.
In wissenschaftlichen Angelegenheiten, insbesondere bei der Berufung von Fellows, stützt sich der Rektor auf die Empfehlungen eines international zusammengesetzten Wissenschaftlichen Beirates. Bei der wissenschaftlichen Leitung des Instituts stehen ihm die Ständigen Wissenschaftlichen Mitglieder (Permanent Fellows) zur Seite, bei der Verwaltung des Hauses der Sekretär und dessen Mitarbeiter.
Nach dem Gründungsrektor Peter Wapnewski war von 1986 bis 2001 Wolf Lepenies, Professor der Soziologie und Wissenschaftshistoriker, Rektor des Wissenschaftskollegs. Von Oktober 2001 bis März 2007 nahm Dieter Grimm, Professor des Öffentlichen Rechts an der Humboldt-Universität zu Berlin und ehemaliger Richter am Bundesverfassungsgericht, dieses Amt wahr. Seit April 2007 leitet Luca Giuliani, Professor der Klassischen Archäologie an der Humboldt-Universität zu Berlin, das Wissenschaftskolleg.
- Peter Wapnewski 1981-1986
- Wolf Lepenies 1986-2001
- Dieter Grimm 2001-2007
- Luca Giuliani
seit 2007